A Ilha de Santo Amaro está localizada sob o Trópico de Capricórnio. O clima é quente e úmido no verão, e frio e úmido no inverno. A pluviosidade é elevada. Na região da Serra chega a chover 20 dias por mês no verão tornando o ambiente favorável ao desenvolvimento de vegetação florestal, originando a Mata Atlântica, a qual por sua vez contribui para o equilíbrio das condições climáticas da região como um todo.

TIPOS DE VEGETAÇÃO

Além da presença de Mata Atlântica, existem outros tipos de vegetações na Ilha de Santo Amaro, tais como: Vegetação de Restinga, Vegetação de Mangue e Vegetação Rasteira (praias).

MATA ATLÂNTICA

Formação vegetal típica das encostas da Serra do Mar. Desenvolve-se sobre o solo raso e se caracteriza por apresentar vegetação arbórea densa, com árvores de grande porte, que podem chegar a 20-30 metros de altura e cujas copas se entrelaçam formando um dossel contínuo, de tal forma que pouca luz atinge os extratos inferiores. Esses extratos são constituídos de vegetais, como Epítafes e Lianas, adaptados a pequenas quantidades de luz. O solo da Floresta é escuro, mal ventilado com grande quantidade de matéria orgânica proveniente das camadas vegetais superiores. A ação de organismos decompositores que transformam essa matéria orgânica em substâncias nutritivas, sustenta a Floresta.

Na Ilha de Santo Amaro esse ecossistema sofreu com a insensata destruição, mas alguns mamíferos da Mata Atlântica ainda sobrevivem,  como os indefectíveis marsupiais, desde formas mínimas até os Gambás.   O Guaxinim, o Furão, o Cangambá, e felinos, como a Jaguatirica ainda são encontrados e continuam se alimentando  de diferentes espécies de Ratos, Caxinguelês, Cotias, Ouriços-cachoeiros e outros. Tamanduás-mirins, Preguiças, Tatus e Tamanduás-bandeira continuam ocorrer na Ilha, porém as populações estão em rápido declínio salvo no Rabo do Dragão e algumas áreas aonde o progresso ainda não chegou.

Entre as aves subsistem  belos Tucanos ( no morro de Sorocutuba e áreas preservadas) e ainda ocorrem alguns espécies de  Periquitos entre outros na região de Guaiúba. Porém a  Mata Atlântica da Ilha de Santo Amaro continua ser um ecossistema rico em formas aladas, entre as quais podemos encontrar os tão conhecidos Pardais, Rolinhas, as Sabiás laranjeiras, os Sanhaços, os Tico-ticos, os Bem-te-vi, os Chupins, as simpáticas e pequenas Cambacicas que juntamente com diversas espécies de Beija-flor se alimentam das flores.

MATA DE RESTINGA

São Florestas baixas com árvores de 6 a 15 metros de altura que se desenvolveram sobre bancos e faixas de areia, depositadas pelo mar no processo de formação da planície. As copas das árvores se tocam deixando, entretanto, passar luz, o que possibilita o desenvolvimento de um extrato herbáceo rico com muitas espécies de Orquídeas, Bromélias e Samabaias. As formações de Restinga, junto com os Manguezais, representaram a cobertura vegetal original de toda Planície da Baixada Santista, incluindo a Ilha de Santo Amaro. É o ecossistema mais destruído no processo de ocupação, pois cresciam sobre solos hoje ocupados pelos núcleos urbanos que constituem os Municípios da região.

MANGUEZAIS

A localização dos Mangues é restrito à faixa entre marés (situada entre o ponto mais alto e o ponto mais baixo da maré). São verdadeiros pontos de ligação entre o ambiente marinho e terrestre. São poucas espécies de árvores mas o número de indivíduos por espécie é grande. Na costa do Estado de São Paulo  há três espécies dominantes:

Mangue-vermelho = Rhizophora mangle.

Mangue-siriúba = Avicennia schaueriana.

Mangue-branco = Laguncularia racemosa. Ocorrem ainda associadas a estas o Hibiscus e além de algas algumas espécies de gramíneas.

A Fauna do Mangue pode ser dividida em dois grandes grupos: O primeiro é constituído por animais estuários que vivem toda sua fase adulta nos Mangues. São principalmente moluscos, ostras e crustáceos, entre os crustáceos se destaca o caranguejo Chama-maré, o grande guaiamun de coloração azulada e hábitos crepusculares, e o aratu-do-mangue. O segundo grupo é constituído por animais que se utilizam do Mangue durante a fase juvenil como várias espécies de peixes.

Diversas espécies de aves marinhas e terrestres encontram nos Mangues refúgio e alimentação, entre eles a Garça, Socó, Guará, Martim-pescador e outros. O guaxinim é entre os mamíferos a espécie certamente mais característica: freqüenta o manguezal ao anoitecer para capturar em particular caranguejos. Outros mamíferos que freqüentam o Mangue são: a Lontra, Furão e o Ratão-do-banhado (nas áreas mais afastadas).

As raízes dos Mangues possuem estruturas adaptadas ao controle de salinidade e a pouca quantidade de oxigênio dissolvido no solo.

MATA RASTEIRA

É a vegetação típica da praia, as folhas grossas, evitando a desidratação do vegetal, os caules são rastejantes e as raízes superficiais. São as adaptações de acordo com a movimentação do solo arenoso conforme os ventos e marés.
Na Ilha de Santo Amaro porém, esse tipo de vegetação desapareceu quase que por completo devido à exploração imobiliária, principalmente nas praias de fácil acesso.